MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 plasmid pCIS3

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019433	A	6	6	15	20	100 %	0 %	0 %	0 %	414073315
2	NC_019433	AGT	2	6	72	77	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073315
3	NC_019433	GAA	2	6	166	171	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073315
4	NC_019433	TC	3	6	195	200	0 %	50 %	0 %	50 %	414073315
5	NC_019433	AGA	2	6	204	209	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073315
6	NC_019433	T	6	6	220	225	0 %	100 %	0 %	0 %	414073315
7	NC_019433	T	6	6	292	297	0 %	100 %	0 %	0 %	414073315
8	NC_019433	AGA	2	6	306	311	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073315
9	NC_019433	ATG	2	6	377	382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073315
10	NC_019433	TTAA	2	8	421	428	50 %	50 %	0 %	0 %	414073315
11	NC_019433	TAT	2	6	492	497	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073315
12	NC_019433	CGGA	2	8	555	562	25 %	0 %	50 %	25 %	414073315
13	NC_019433	GA	3	6	561	566	50 %	0 %	50 %	0 %	414073315
14	NC_019433	TGA	2	6	636	641	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073315
15	NC_019433	AGA	2	6	690	695	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073315
16	NC_019433	A	7	7	738	744	100 %	0 %	0 %	0 %	414073315
17	NC_019433	A	6	6	781	786	100 %	0 %	0 %	0 %	414073315
18	NC_019433	GAT	2	6	796	801	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073315
19	NC_019433	AGA	2	6	816	821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073315
20	NC_019433	TTA	2	6	871	876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073315
21	NC_019433	AC	3	6	899	904	50 %	0 %	0 %	50 %	414073315
22	NC_019433	ATT	2	6	906	911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073315
23	NC_019433	TA	3	6	1048	1053	50 %	50 %	0 %	0 %	414073315
24	NC_019433	A	6	6	1060	1065	100 %	0 %	0 %	0 %	414073315
25	NC_019433	A	6	6	1102	1107	100 %	0 %	0 %	0 %	414073315
26	NC_019433	CTAC	2	8	1123	1130	25 %	25 %	0 %	50 %	414073315
27	NC_019433	TGAG	2	8	1155	1162	25 %	25 %	50 %	0 %	414073315
28	NC_019433	TGA	2	6	1189	1194	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073316
29	NC_019433	A	6	6	1207	1212	100 %	0 %	0 %	0 %	414073316
30	NC_019433	TA	3	6	1273	1278	50 %	50 %	0 %	0 %	414073316
31	NC_019433	ATA	2	6	1284	1289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073316
32	NC_019433	GTG	2	6	1347	1352	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414073316
33	NC_019433	AAAT	2	8	1428	1435	75 %	25 %	0 %	0 %	414073316
34	NC_019433	GTT	2	6	1573	1578	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073316
35	NC_019433	AGA	2	6	1579	1584	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073316
36	NC_019433	CAAT	2	8	1657	1664	50 %	25 %	0 %	25 %	414073316
37	NC_019433	A	6	6	1728	1733	100 %	0 %	0 %	0 %	414073316
38	NC_019433	AGA	2	6	1738	1743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073316
39	NC_019433	TGG	2	6	1763	1768	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414073316
40	NC_019433	GAT	2	6	1786	1791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073316
41	NC_019433	AAAG	2	8	1800	1807	75 %	0 %	25 %	0 %	414073317
42	NC_019433	GAT	2	6	1837	1842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073317
43	NC_019433	AAC	2	6	1869	1874	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073317
44	NC_019433	AAAG	2	8	1927	1934	75 %	0 %	25 %	0 %	414073317
45	NC_019433	TTGG	2	8	1940	1947	0 %	50 %	50 %	0 %	414073317
46	NC_019433	AT	3	6	1984	1989	50 %	50 %	0 %	0 %	414073317
47	NC_019433	AAC	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073317
48	NC_019433	AT	3	6	2003	2008	50 %	50 %	0 %	0 %	414073317
49	NC_019433	A	6	6	2024	2029	100 %	0 %	0 %	0 %	414073317
50	NC_019433	AGT	2	6	2088	2093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073317
51	NC_019433	ATG	2	6	2117	2122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073317
52	NC_019433	AG	3	6	2155	2160	50 %	0 %	50 %	0 %	414073317
53	NC_019433	AAC	2	6	2285	2290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073317
54	NC_019433	A	6	6	2291	2296	100 %	0 %	0 %	0 %	414073317
55	NC_019433	TTC	2	6	2305	2310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073317
56	NC_019433	AAC	2	6	2312	2317	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	414073317
57	NC_019433	TCA	2	6	2337	2342	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073317
58	NC_019433	A	6	6	2371	2376	100 %	0 %	0 %	0 %	414073317
59	NC_019433	ATC	2	6	2469	2474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073317
60	NC_019433	GGT	2	6	2569	2574	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	414073317
61	NC_019433	TGA	2	6	2598	2603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073317
62	NC_019433	GAT	2	6	2608	2613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073317
63	NC_019433	GAT	2	6	2626	2631	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073317
64	NC_019433	GAT	2	6	2698	2703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073317
65	NC_019433	ATT	2	6	2795	2800	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073317
66	NC_019433	ATTTC	2	10	2858	2867	20 %	60 %	0 %	20 %	414073317
67	NC_019433	CTT	2	6	2907	2912	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	414073317
68	NC_019433	TCA	2	6	2940	2945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	414073317
69	NC_019433	A	6	6	2974	2979	100 %	0 %	0 %	0 %	414073317
70	NC_019433	TGTT	2	8	2996	3003	0 %	75 %	25 %	0 %	414073317
71	NC_019433	CTA	2	6	3062	3067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_019433	T	7	7	3086	3092	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019433	AT	3	6	3114	3119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019433	TAT	2	6	3128	3133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_019433	CAAG	2	8	3141	3148	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_019433	A	6	6	3163	3168	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019433	ACCT	2	8	3173	3180	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_019433	TTTA	2	8	3188	3195	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019433	TAA	2	6	3246	3251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019433	CTT	2	6	3376	3381	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_019433	TAA	2	6	3405	3410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019433	CAAT	2	8	3449	3456	50 %	25 %	0 %	25 %	414073318
83	NC_019433	GAA	2	6	3493	3498	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073318
84	NC_019433	ATT	2	6	3538	3543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073318
85	NC_019433	ATG	2	6	3560	3565	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	414073318
86	NC_019433	ATT	2	6	3606	3611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	414073318
87	NC_019433	GTT	2	6	3811	3816	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	414073318
88	NC_019433	GAA	2	6	3891	3896	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073318
89	NC_019433	TAA	2	6	4134	4139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	414073318
90	NC_019433	GAA	2	6	4230	4235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	414073318
91	NC_019433	GTGA	2	8	4345	4352	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019433	TGC	2	6	4355	4360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_019433	TGGG	2	8	4361	4368	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_019433	T	6	6	4373	4378	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_019433	CGA	2	6	4441	4446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_019433	CA	3	6	4503	4508	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_019433	TTA	2	6	4577	4582	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019433	AATG	2	8	4671	4678	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_019433	TAG	2	6	4688	4693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_019433	ACT	2	6	4707	4712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_019433	T	7	7	4712	4718	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_019433	TGAA	2	8	4769	4776	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_019433	A	6	6	4814	4819	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_019433	TC	3	6	4820	4825	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_019433	TGTT	2	8	4832	4839	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019433	A	6	6	4855	4860	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_019433	GAA	3	9	4875	4883	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019433	T	7	7	4893	4899	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_019433	CTT	2	6	4900	4905	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_019433	AAAG	2	8	4918	4925	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_019433	TATTT	2	10	4936	4945	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_019433	TGT	2	6	5116	5121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019433	TTA	2	6	5151	5156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_019433	ACTC	2	8	5260	5267	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_019433	CTA	2	6	5280	5285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_019433	TGT	2	6	5297	5302	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019433	T	6	6	5385	5390	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_019433	TCA	2	6	5431	5436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_019433	TGAAT	2	10	5556	5565	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019433	TTG	2	6	5569	5574	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019433	A	7	7	5583	5589	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019433	GTT	2	6	5624	5629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019433	TCTTT	2	10	5756	5765	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_019433	T	7	7	5825	5831	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_019433	GAT	2	6	5832	5837	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019433	A	7	7	5863	5869	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_019433	A	6	6	5871	5876	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019433	TA	5	10	5888	5897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_019433	TA	3	6	5905	5910	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019433	A	9	9	5936	5944	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_019433	TA	3	6	5971	5976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019433	CAA	2	6	5978	5983	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019433	A	6	6	5982	5987	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019433	TA	3	6	5993	5998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_019433	CAA	2	6	6000	6005	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_019433	A	6	6	6004	6009	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_019433	CAA	2	6	6022	6027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_019433	A	6	6	6026	6031	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019433	CTT	2	6	6047	6052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_019433	TGTT	2	8	6053	6060	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_019433	TA	3	6	6068	6073	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019433	ATA	2	6	6079	6084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019433	GAA	2	6	6092	6097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019433	TC	3	6	6098	6103	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_019433	TTC	2	6	6116	6121	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_019433	ACTC	2	8	6134	6141	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.